هیأت مؤسس به عنوان نهاد اصلی و تصمیم‌گیرنده در تأسیس و راه‌اندازی مؤسسه، نقش محوری در شکل‌گیری و هدایت مسیر کلی آن ایفا می‌کند. اعضای این هیأت بر اساس مصوبه شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری انتخاب شده‌اند. در صورت کاهش تعداد اعضای هیأت مؤسس به هر دلیلی، افراد واجد شرایط جدید با تأیید اعضای باقی‌مانده و وزارت علوم به عضویت هیأت درمی‌آیند. وظایف هیأت مؤسس شامل کسب مجوزهای لازم برای تأسیس مؤسسه، تدوین آیین‌نامه داخلی، انتخاب و عزل اعضای هیأت امنا و نظارت بر روند اجرایی و توسعه‌ای مؤسسه است. این هیأت با اختیارات گسترده‌ای که دارد، تضمین‌کننده تحقق اهداف و مأموریت‌های مؤسسه در چارچوب قوانین و مقررات مربوطه می‌باشد.